ความเป็นมาของ “อาคารสมเด็จพระบรมราชินีนาถในรัชกาลที่ ๙” และ “กองทุนสมเด็จพระบรมราชินีนาถในรัชกาลที่๙” เพื่อผู้ป่วยจิตเวชยากไร้ และฝึกอาชีพผู้ป่วยจิตเวช

หลังจากการก่อสร้างอาคาร ภ.ป.ร แล้วเสร็จ มูลนิธิฯ ยังมีเงินเหลืออยู่ประมาณ 30 ล้านบาท อาคารผู้ป่วยในจิตเวชหญิงหลายอาคาร  ภายในสถาบันจิตเวชศาสตร์สมเด็จเจ้าพระยา มีสภาพชำรุดทรุดโทรม และไม่เพียงพอต่อการบริการผู้ป่วย คณะกรรมการมูลนิธิฯ มีมติจะหารายได้โดยการจัรายการพิเศษการกุศล ทางสถานีโทรทัศน์กองทัพบก เหมือนทุกปีที่ผ่านมา โดยเริ่มดำเนินการตั้งแต่ปี พ.ศ. 2548 งบประมาณในการก่อสร้างอาคาร 240 ล้านบาท

ในปี พ.ศ. 2550 สมเด็จพระนางเจ้าสิริกิต์พระบรมราชินีนาถทรงมีพระเมตตาพระราชทานพระราชทรัพย์ส่วนพระองค์จำนวน 2 ล้านบาท ให้แก่มูลนิธิโรงพยาบาลสมเด็จเจ้าพระยา ในพระราชูปถัมภ์ฯ เพื่อสมทบทุนในการก่อสร้างอาคารผู้ป่วยในจิตเวชหญิง ทรงพระมหากรุณาโปรดเกล้าให้ ท่านผู้หญิงจรุงจิตต์ ทีขะระ  นำเช็คมามอบให้แก่มูลนิธิฯ เมื่อวันที่ 12 กันยายน พ.ศ. 2550

วันที่ 24 เมษายน พ.ศ. 2551 มูลนิธิฯ ได้ทำหนังสือกราบบังคมทูล ขอทรงพระกรุณาโปรดเกล้า พระราชทานชื่ออาคารหลังนี้ว่า “อาคารสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิตต์ พระบรมราชินีนาถ” พร้อมกับอัญเชิญอักษรพระนามาภิไธยย่อ ส.ก. มาประดิษฐาน ณ อาคารหลังนี้ พระองค์ทรงมีพระมหากรุณาธิคุณพระราชานุญาตพระราชทานชื่ออาคารหลังนี้ว่า “ อาคารสมเด็จพระบรมราชินีนาทในรัชกาลที่ ๙ ” และทรงมีพระราชานุญาตให้อัญเชิญ อักษรพระนามา๓ไธย ส.ก. มาประดิษฐานณ.อาคารหลังนี้เมื่อวันที่ 14 กรกฎาคม พ.ศ. 2551

ในปี พ.ศ. 2554 ที่มีน้ำท่วมใหญ่ กรุงเทพมหานคร มูลนิธิฯ ได้ทำหนังสือกราบบังคมทูล ขอพระราชทานพระราชานุญาต จากสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิตต์ พระบรมราชินีนาถ เพื่อนำผู้ป่วยในจิตเวชหญิง เข้าไปบำบัดรักษาที่อาคารหลังนี้ ก่อนที่พระองค์จะเสด็จเปิดอาคาร เพื่อหนีน้ำท่วม พระองค์ท่านทรงมีพระเมตตา ทรงมีพระราชานุญาต และทรงพระราชทานพระราชทรัพย์ส่วนพระองค์ จำนวน 300,000 บาท ให้แก่มูลนิธิฯ เพื่อเป็นค่าอาหารแก่ผู้ป่วย ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าให้ ดร.จิรายุ อิศรางกูร ณ อยุธยา นำเงินมามอบให้แก่มูลนิธิฯ วันที่ 17 พฤศจิกายน พ.ศ. 2554

วันที่ 22 มิถุนายน พ.ศ. 2555 สมเด็จพระนางเจ้าสิริกิตต์ พระบรมราชินีนาถ เสด็จพระราชดำเนินทรงเปิดอาคารหลังนี้ และทรงมีพระเมตตา พระราชทานพระราชทรัพย์ส่วนพระองค์ จำนวน 500,000 บาท ให้แก่มูลนิธิฯ รับมอบโดยคุณหญิงเอื้อปรานี เจียรวนนท์ ประธานมูลนิธิฯ